События игры разворачиваются за семь лет до оригинальной игры и сфокусированы на приключениях СОЛДАТА второго класса Зака, его наставнике Ангиле, Генезисе, Сефиросе и компании Шин-Ра. Собственно в роли Зака вам и предстоит пройти всю игру, увидев его становления как солдата, получение первого класса и меча Buster Sword. Вам предстоит посетить многие знакомые места из оригинальной игры и встретить знакомых персонажей. Кратко будет показана и война с Вутаем, а запутавшиеся в воспоминаниях Клауда игроки, смогут увидеть наиболее полно, например всем известную трагедию в Нибельхейме, как собственно и побег Зака и Клауда из поместья Шин-Ра. Что также интересно, помимо событий показанных в оригинальной игре, Crisis Core затрагивает и события Before Crisis, - если быть точным, то практически полностью в игре показана 19 глава BC, даже диалоги идентичны.

Сюжетная же завязка игры такова – в период, когда компании Шин-Ра только стремительно развивалась, ведя при этом войну с Вутаем, в последнем пропадает один из лучших СОЛДАТ первого класса, практически аналог Сефироса – Генезис [ Genesis]. На поиски пропавшего СОЛДАТА и расследования деталей оного инцидента отправляются Зак, его наставник Ангил и Сефирос. Чем все это обернется, вы узнаете собственно в игре.